上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
某座住宅区，负责公寓内各项维修事务的菲恩（Matt O'Leary 饰）和约瑟（George Finn 饰）是一对穷的叮当响的好基友。某天菲恩的女友凯莉（Danielle Panabaker 饰）来到他们的住处，当得知住在隔壁的贝先生已经很长时间没走出房门时，凯莉自告奋勇上门查看，结果却一脸错愕地回到二人面前。原来贝先生早已不见踪影，房间内一面墙贴满了以三个人为对象的拍立得照片，窗口则有一台奇怪的机器正对着菲恩和约瑟的房间。不久后他们发现，那台机器竟是可以拍摄到未来情景的照相机。他们发现了贝先生的尸体，然而因为照相机的原因秘藏了此事。 无意间拥有了窥视未来的手段，年轻人们的心不知不觉躁动起来……
22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星，并持续向地球发射带有强烈放射性物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被迫转到地下求生。在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
海岛渔民邵风和朋友一起在海上意外捕获一只形态奇异的小章鱼，从而引来了基因公司老板和另外一股神秘集团的追踪。邵风与科学研究者女友刘子墨也被迫卷入这场风波，一齐遭到了巨型变异章鱼对人类的攻击。为了维护海洋生态和平邵风与子墨联手，决心阻止人类贪婪的基因实验计划..........
